Normalmente este error lo provoca el cliente (MySQL workbench, por ejemplo) al ejecutar una sentencia que tarda mucho en ejecutarse.
Se deben ampliar los tiempos de desconexión del workbench, en Edit -> Preferences:
y ampliar los tiempos, en segundos, de lectura y ejecución: (cambiar los valores de 30 y 60 por 180, por ejemplo)
